實驗室的施工不同于普通工業與民用建筑，空調、潔凈廠房一般由專業公司承擔，凈化實驗室隔墻、吊頂等專業公司根據原設計藍圖和建設單位要求進行二次深化設計，設計單位、建設單位、施工單位、相關的監理單位進行評審，原設計單位認可。實驗室空調參數要求較高，專業公司同樣也進行二次深化設計，從而通過監理單位的評審。監理工程師的設計觀念要避免僅僅停留在監督施工單位照圖施工上，這就要求監理工程師應掌握施工過程質量控制要點，對重慶實驗室凈化公司的驗收程序一定要嚴格把關。同時，重慶實驗室凈化公司從過往的工程施工經驗之中總結出以下經驗，也是專業的實驗室凈化公司常用的施工步驟：

第一步，風管材質要符合設計要求，對原材脫脂工序堅持全檢。

第二步，風管預制主要控制制作環境要符合，規定工藝是否符合設計。

第三步，安裝過程的封閉控制以及法蘭、緊固件要符合規范要求。

第四步，空調機組的試運轉要脫開風管系統，漏風量測試。

第五步，重慶實驗室凈化公司對實驗室內的壁板除檢查平整度、垂直度外，主要控制密封狀況，包括門窗的密封，水電氣孔洞密封，以及表面清潔要使用無脫落纖維織物搽拭。

第六步，交叉施工，主要是自流坪施工，實驗室一定要防止施工過程產生的二次污染。自流坪地面施工，有對地坪打磨的工序，要使用自身帶吸塵裝置的打磨機。自流坪地面面層施工要掌握好時機，做早了交叉施工易造成損傷。